El Consejo Superior es el máximo organismo de dirección administrativa y académica, integrado por los siguientes miembros (2011 -2013):
Sra. Ana Beatriz S. de Mantilla, Representante Legal, quien lo preside.
Sra. Martha Elena Segura Sandoval, Rectora.
Sr. Eduardo Adolfo Muñoz Portilla, Representante Principal del Estamento Administrativo.
Sra. Martha Liliana Quinchoa Pinilla, Representante Suplente del Estamento Administrativo.
Sr. José Luis Hernández Medina, Representante Principal del Estamento Estudiantil.
Sr. Andrés Felipe Cajas Ojeda, Representante Suplente del Estamento Estudiantil.
Sr. Alexander Muñoz Tintinago, Representante Principal del Estamento Docente.
Sr. Yimmi Andrés Campo Bravo, Representante Suplente del Estamento Docente.
Sr. Carlos Antonio Flórez Arias, Representante Principal del Estamento Egresado.
Sr. Antonio José Sandoval Girón, Representante Suplente del Estamento Egresado.
Sr. Gerardo Andrés Barreda Ramírez, Secretario del Consejo Superior
Código ICFES 2849 - Calle 5 No. 3-85 Popayán, Colombia - PBX: 8213000 - Fax: 8214000 - uniautonoma@uniautonoma.edu.co